مرحله اول رسیدگی مالیاتی ؛ اداره امور مالیاتی
اولین مرحله دادرسی مالیاتی در واقع رسیدگی به شکایت مودی توسط اداره امور مالیاتی است. در این مرحله مذاکره ای بین مودی و اداره امور مالیاتی صورت می گیرد. هر مودی طبق قانون از تاریخ ابلاغ 30 روز مهلت ارسال مدارک به اداره امور مالیاتی را دارد که طی آن می تواند درخواست تعدیل در مالیات خود را ارائه نماید. پس از آن اداره امور مالیاتی نیز 30 روز مهلت رسیدگی به شکایت مودی را دارد. اکثر پرونده های کوچک در این مرحله به نتیجه می رسند. اداره امور مالیاتی مراتب را در برگ تشخیص ثبت نموده و به امضای رئیس اداره امور مالیاتی می رسد. چنانچه اداره امور مالیاتی اعتراض را وارد نداند یا به توافق با مودی نرسد، مراتب درخواست مودی در برگ تشخیص مالیاتی ثبت شده و به هیئت حل اختلاف مالیاتی ارجاع می گردد.

مرحله دوم دادرسی مالیاتی ؛ هیئت حل اختلاف مالیاتی
چرخه بعدی در رسیدگی مالیاتی همانطور که پیش از این گفته شد ، هیات حل اختلاف مالیاتی است. در این مرحله رسیدگی موظف به تشکلی هیات و ابلاغ آن به مودی است. این هیئت متشکل از سه نفر می باشد. قاضی و نماینده امور مالیاتی و نماینده اتحادیه که به نمایندگی از مودی حضور میابد. در این مرحله پرونده مالیاتی مودی بررسی می گردد و بر طبق آن رای صادر می گردد. چنانچه مودی به رای صادر شده از هیئت حل اختلاف مالیاتی تمکین کند ، ملاک پرداخت مالیات مودی همان برگ قطعی صادر شده از هیئت حل اختلاف می باشد و پرونده پایان می یابد در غیر اینصورت مودی می تواند تا 30 روز پس از ابلاغ نتیجه اعتراض نماید . در این مرحله اداره امور مالیاتی نیز می تواند شکایت خود را ثبت نماید و به شورای عالی مالیاتی ارجاع نماید.

مرحله سوم ؛ شورای عالی مالیاتی
30 روز پس از ابلاغ ، در صورت اعتراض مودی به رای صادر شده در مرحله قبل ، پرونده به شورای عالی مالیاتی ارجاع می گردد. در این مرحله پرونده تشریفات قانونی خود را بدون در نظر داشتن ماهیت پرونده سپری می کند و شورا رای صادره را رد یا تایید می نماید. چنانچه رای رد شود پرونده به دومین مرحله باز می گردد و روند را از ابتدا با هیات اختلاف دیگری طی می کند. اگر رای صادر شده تایید گردد ، مودی می تواند ادامه شکایت خود را مرحله بعد یعنی هیئت سه نفره وزارت اقتصاد ارجاع دهد.

مرحله چهارم ؛ هیئت سه نفره وزارت اقتصاد
پیش از این نیز گفته شد که چنانچه مودی به رای تایید شده در مرحله قبل اعتراض داشته باشد ظرف 30 روز می تواند به رای صادر شده اعتراض نماید که به هیئت سه نفره وزارت اقتصاد ارجاع می گردد. در این هیئت سه نفر انتخاب شده توسط وزیر امور اقتصادی و دارایی حضور دارند. چنانچه مودی به رای صادر شده در این مرحله نیز اعتراض داشته باشد ، رای به دیوان عدالت اداری که آخرین مرحله دادرسی است ارجاع می گردد.